Экскурсионный отдел музея организует прием и экскурсионное обслуживание посетителей, предлагает жителям и гостям города разнообразные пешеходные экскурсии по Томску, осуществляет экскурсионное обслуживание организованных групп посетителей по договорам, взаимодействует с туристским информационным центром города.

Экскурсионный отдел находится в центре города, рядом с любимым местом отдыха горожан – площадью Ново-Соборной и размещен в помещениях известной томичам арки Городского сада, являющейся архитектурной достопримечательностью Томска. Современная арка построена в стиле «ампир» и введена в эксплуатацию 1 сентября 1955 года, ее главное украшение – портик с колоннами коринфского ордера.

Кроме экскурсионного отдела для удобства туристов в арке работают туристский информационный центр Томска и сувенирная лавка.